海关发票是指在跨境贸易过程中，由海关根据进出口货物的情况开具的一种证明文件。海关发票主要用于海关征税、统计货物进出口情况等目的。

海关发票的抵扣是指进口企业在进行进口业务时，可以通过海关发票上的税款抵扣来减少进口成本。具体操作流程如下：

1. 进口企业在办理进口报关手续时，海关会根据进口货物的价值和税率等信息开具海关发票，并收取相应的进口税款。

2. 进口企业在申报进口税款时，可以根据海关发票上的税款信息来进行抵扣。通常情况下，进口企业可以在进口税款中扣除海关发票上已经缴纳的税款部分。

3. 进口企业在报关完毕后，按照海关规定的程序向海关申请税款抵扣。海关会审核企业提交的资料，并根据实际情况决定是否允许抵扣。

4. 如果海关审核通过，进口企业可以将已抵扣的税款金额从应缴纳的进口税款中扣除，从而减少进口成本。

总的来说，海关发票的抵扣是进口企业在进行进口业务时的一种减税政策，通过合理的抵扣操作，可以有效降低企业的进口成本，提升竞争力。